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날로 그 중요성이 커지고 있는 해양 주권의 위상에 맞게 해사 해양연구소는 우리 해군의 해양정책과 기술 발전을 추구하고 국민의 해양성 함양과 관련한 연구 확대를 위해 다양한 노력을 기울여 나가고 있다.

해군 차원에서 해양과 관련한 다양한 문제 및 충무공 이순신 장보고리더십과 역사를 종합적으로 연구하기 위해 지난 1988년 문을 열었다. 해군 해양연구소로 출범한 해사 해양연구소는 해양정책, 해양공학, 해양과학, 해양문화 등 다양한 분야를 연구해 왔으며, 2003년에는 해저유물탐사단을 통합해 해저탐사 임무를 수행하기도 했다.

2007년 조직이 해체되고 기능이 각 부서로 나뉘는 위기를 겪기도 했으나 2010년 다시 복원돼 오늘날에 이르고 있다. 해양연구소는 지난 1988년 10여 건의 국가연구과제 수행을 시작으로 해군 해양 특화분야 연구과제를 수행해 해군과 해양 분야 발전에 이바지해오고 있으며 현재까지 700여 건의 연구과제 수행 및 관리 임무를 성공적으로 마쳤다.

앞으로 해양연구소는 해군해양 충무공 연구기능 강화 및 연구지원체계를 정립하고 民. 官. 軍과 産. 學. 硏간 협업체계를 구축하여 해양정책. 전략. 과학기술 및 충무공 연구를 선도하는 핵심 연구소로 발전해 나갈 계획이다.

해양연구소 연혁

연도	날짜	내용
1988	7. 1.	『해군해양연구소』 발족 : 1실 3부(해양환경부/해양공학부/해양전략부)
1996	11. 11.	조직개편 : 3부 → 4부(역사부/환경부/전파부/음파부)
2003	5. 27.	조직개편 : 4부(해양정책/해양공학/해양과학/해양문화체육부) 16실
	7. 1.	조직개편 : 해저유물탐사단 흡수통합 * 해양 조사정 인수 : 탐사기능 보유 및 해양 조사 임무 수행
2005	3. 15.	조직개편 : 1실(기획실) → 2실(계획운영실, 해양실)
2007	5. 1.	조직해체 및 기능이관 : 해본 점발단, 해사 교수부, 교육사 충무공리더십센터,                      작전사 해정단으로 기능 이관
2010	2. 1.	해양연구소 재창설 : 1실(기획운영실), 4부(해양정책, 해양공학, 해양과학, 해양문화체육)
2014	2. 1.	충무공연구부 신설
2015	12. 1.	조직개편 : 5부(해양정책연구부, 해양공학연구부, 해양환경연구부, 해양문화체육연구부,           충무공연구부) → 3부(해양과학기술연구부, 해양정책·전략연구부, 충무공연구부)
2017	1. 1.	해양연구소장 편성 변경(대령 → 2급)
	2. 28.	해사 산학협력단 창설('17. 2.28.)로 '대외연구과제' 관리기능 이관